Il modulo Mappa GIS porta il patrimonio dell'Ente su una mappa navigabile e lo mette in relazione con la cartografia catastale dell'Agenzia delle Entrate. Ogni bene gestito in SEPACOM — unità immobiliare, edificio, complesso immobiliare, terreno, spazio virtuale — viene collocato sul territorio, e da lì l'operatore raggiunge in un click la scheda anagrafica corrispondente.
Il punto qualificante è che non si tratta di un visualizzatore cartografico affiancato al gestionale, ma dello stesso gestionale visto da una prospettiva diversa. La mappa legge i dati del patrimonio in tempo reale: non esistono importazioni, esportazioni periodiche o archivi paralleli da tenere allineati. Quando un operatore aggiorna una scheda, la mappa lo riflette immediatamente.
Ne consegue anche che le abilitazioni dell'operatore valgono in mappa esattamente come nel gestionale: ciascuno vede sul territorio soltanto il perimetro di beni di propria competenza, senza configurazioni aggiuntive.